柏林自由大學成立于1948年12月4日，前身為柏林大學，1810年柏林大學建立，到第二次世界大戰結束為止柏林只有一個“柏林大學”。冷戰期間，柏林大學被劃入東柏林境內，部分師生從原校出走，并在美英等西方陣營的支持下，1948年于西柏林成立了“自由的柏林大學”（即今柏林自由大學），柏林大學分裂之后，位于東柏林的原址校區則于1949年改名為現今的柏林洪堡大學。