巴西塞阿拉聯邦大學于1955年由巴西聯邦政府創建，直屬巴西教育部，是巴西最受尊敬的大學之一。成立之初，塞阿拉聯邦大學由福塔萊薩市的農藝學校、塞阿拉法學院、醫學院、藥房、牙科學院等幾所高等教育學院、機構聯盟組成。目前，巴西塞阿拉聯邦大學設有四個基礎科學教育中心、五個專業學院，分別由福塔萊薩市、索布拉爾市、巴巴利亞市、魯薩斯市和基沙達市的分校組成。2016年8月1日，巴西塞阿拉聯邦大學與南開大學合作建設塞阿拉聯邦大學孔子學院。