杏林大學設有四個學部，分別為醫學部（醫學科）、保健學部（臨床檢查技術學科、健康福祉學科、看護學科、臨床工學科、緊急救護學科、理學療法學科）、綜合政策學部（綜合政策學科、企業經營學科）、外國語學部。大學院設有醫學研究科（生理學系專攻、病理系專攻、社會醫學系專攻、內科系專攻、外科系專攻）、保健學研究科（保健學專攻、看護學專攻）、國際協力研究科（國際開發專攻、國際文化交流專攻、國際醫療協力專攻、開發問題專攻），以及日本語研修課程。校長致辭（摘選）：21世紀，是必須以全球規模的眼光來考慮一切事物的時代。杏林大學正是立足于這個視點，不僅教授學生們學習各專業分野的知識，而且還要培養出可以以發展性的廣闊視野來思考，并且自律的人材。