自治醫科大學最初在1972年設立之時的目標是，確保和提高偏遠地區的醫療體系，并且增進當地居民的福祉。學校的教育目的是培養堅持醫療道德，并且同時具有較高臨床實力的醫師，以醫學的進步和提高當地住民的福祉為使命。自治醫科大學是由在地域醫療體系中負責的全國各都道府縣共同創立的學校法人進行運營的。本校的學生們，可以通過在校6年時間的住校生活，共同的起居，蘊育出自律協調的精神和責任感。同時，通過加強與都道府縣的聯系，努力使學生們加深對偏僻地域醫療現狀的認識，鞏固對人道醫療的使命感。