長崎大學作為日本歷史最悠久的公立醫學校，醫學部前身長崎醫科大學在1945年8月9日受到原子彈轟炸。1949年建校，位于長崎縣長崎市的日本國立大學、引舊六所醫科官立大學之一。1949年由長崎醫科大學、長崎醫科大學附屬藥學專門部、長崎經濟專門學校(二戰前為長崎高等商業學校)、長崎師范學校、長崎青年師范學校、引長崎高等學校合并而成。其時日本歷史最悠久的公立醫學校。其校友包括了2008年諾貝爾化學獎得主下村修。