復旦大學上海醫學院的主管部門是復旦大學，于1927年創建，是一所二級學院，由中華人民共和國教育部、中華人民共和國國家衛生健康委員會、上海市人民政府共建托管。復旦大學上海醫學院創立時名為國立第四中山大學醫學院，是中國創辦的第一所國立大學醫學院，該校設有直屬院系所10個，附屬醫院18所。