長江口航道建設有限公司負責長江航道瀏河口至長江入海口約122公里河段的規劃、管理、建設、維護和科研工作。管理局是交通運輸部所屬正局級公益事業單位。局機關設8個職能處室和一個內設機構（長江口航道養護中心，正處級），下屬1個二級單位——上海河口海岸科學研究中心，為副局級科研事業單位。