小叮當:拯救精靈大作戰的故事講述了修理匠叮當由于喜愛人類物品而靠近人類的房子，而被一位相信仙子的小女孩捉住。小女孩的真誠使叮當和她成為了朋友。小女孩的爸爸是一位自然學家，給了他一本空白的研究本。女孩就和叮當一起完成了關于仙子的研究。可是，她的爸爸不相信有仙子，不斷研究沒被仙子畫好翅膀的蝴蝶。而同時，叮當的伙伴維迪亞和其他仙子展開了救援活動。