叢林奇航影片故事的背景為1916年，女主角莉莉霍頓是英國(guó)的一位植物學(xué)家，她極欲尋找一種位于亞馬遜叢林的神奇花朵，傳說該花朵可治百病，莉莉渴望用其造福全人類。在獲得有助于尋寶的關(guān)鍵物品后，她便拉著弟弟麥奎格一同前往亞馬遜流域探險(xiǎn)，并雇用了當(dāng)?shù)氐囊晃淮L(zhǎng)法蘭克當(dāng)向?qū)АＨ欢衿娴膶毼镒匀幻獠涣怂说挠J覦，一場(chǎng)攸關(guān)尋寶與寶物爭(zhēng)奪戰(zhàn)的戲碼，就這樣拉開序幕。