大明山于1958年建立為國有林場，1981年轉型為自治區級水源林保護區，2002年經國務院批準升級為國家級自然保護區。管理機構更名為廣西大明山國家級自然保護區管理局，2004年劃歸南寧市管理。2005年，南寧大明山風景區管委會成立，與大明山管理局實行一套人馬，兩塊牌子的管理體制。