上溪自然保護區保護區大體可分為熱帶溝谷雨林動物群、熱帶山地雨林動物群、山地次生灌木草坡動物群、農田動物群等4個動物群。根據近年的調查，上溪地區記錄的陸棲脊椎動物有27目76科232種。其中兩棲綱2目6科22種，爬行綱3目11科39種，鳥綱14目38科128種，哺乳綱8目21科43種。