崇明東灘鳥類自然保護區的整體面積在241.55平方公里，其保護對象主要是濕地系統跟水鳥們。根據相關的調查表明，尤其是1996－1998年，都說明了崇明東灘是候鳥遷徙路線上的重要驛站，同時崇明東灘又是白頭鶴，小天鵝等珍稀水禽的重要越冬地，其中國家一級保護鳥類白頭鶴已連續十余年選擇崇明東灘作為越冬地，數量達到130余只。