科莫多國家公園世界最著名的科莫多蜥蜴保護區，四周環水、風景宜人，占地219332公頃，科莫多國家公園內主要包括科莫多島、巴達爾島和林恰島，世界現存最大的蜥蜴科莫多巨蜥便是生活在這里。公園內的島嶼普遍都是懸崖峭壁，非常兇險，并且僅有很小的海灣及港口：比如普勒尤-科莫多是一個多山的島嶼，它的最高峰海拔八百二十七米，其主要部分位于熱帶草原氣候區，有著成片的棕櫚樹林和廣闊的草地；其一小部分地區位于覆蓋著落葉林的熱帶氣候區，有兩個小的紅樹林生物群落點綴在落葉林中。無數的珊瑚礁同樣也是公園景色的一部分：和其他印度尼西亞地區不同的是，這里的珊瑚礁受炸藥捕漁業的影響損壞相對的比較小，它們組成了水下美麗的風景線。