曲龍寺是格魯派的早期寺院之一，1393年，36歲的格魯派創始人宗喀巴大師“率同師徒弟子共九人赴沃卡卻隆靜修”宣傳格魯派教法。當時沃卡宗的宗本扎西倫珠因篤信佛教，自愿作了這師徒九人的施主。宗本極力要求為這九名在巖洞中修行的師徒修建一座道場。于是在宗喀大師的應允旨意下修了一座長14肘，寬11肘的經堂，直到1969年這座經堂依然如故，這就是曲龍寺初建的情況。

    以后“大師拜三十五佛懺,手足指皆已破裂，石上磨成手足和頭部跡印。復在一個比較大點的而根也很穩固的四方石盤上作曼荼羅供，以腕部磨試，兩腕皆傷，把石磨轉得很平滑”。這兩塊石頭就由他的弟子供奉于寺院之內，至今遺跡仍在，成為該寺的鎮寺之寶。從此以后宗喀巴大師以曲龍寺為落腳點，在沃卡一帶傳授格魯派教法。