沙丘2000劇情取自同名的科幻小說，講述了3個龐大的家族為了爭渡一種香料相互爭斗，這種香料的生長的地方環境惡劣，游戲中需要派·采集車前去采集香料進行制作，消滅敵人，這種香料有著神奇的作用，每個家族的實力都不容小看，每個家族都有相互制約的武器，建造各種的建筑，各種的武器，藥品，建立部隊等來抵御敵人的進攻。