昌吉位于新疆維吾爾自治區中北部，南部是天山山脈，北部是浩瀚的沙漠，中部是廣闊肥沃的沖積平原，全市面積7964平方公里，其中市區13平方公里。 昌吉屬中溫帶大陸性氣候，最高氣溫42℃，最低氣溫－38.2℃，年降水量山區534.3毫米，平原180毫米，具有晝夜溫差大、夏熱冬寒、干旱少雨的特點。市內有頭屯河、三屯河，年徑流量5.62億立方米，是農業用水的主要來源。