通州市轄鎮。1957年為新余鄉，1958年更名三余公社，1983年改鄉，1984年鄉鎮合并設三余鎮。位于市境東北部，距市府30公里。面積40.4平方公里，人口3.8萬。省道掘青公路與金三公路在境內交會，團結河與三余豎河交錯。轄菜園、三余、齊樂、中義、大樂、斗爭、貢安、光榮、大興、中心、鎮北、紅專、紅星、前進、合力、立新、鎮西、士文、新民、鎮東、一社、永興、新南23個村委會和鎮北、中心2個居委會。農業以種植糧、棉為主，鰻魚苗、文蛤為特產。企業產品有油咀、油泵、高檔皮毛機。.

2021年10月，三余鎮上榜2021年全國千強鎮名單，排名第602位。

2012年12月，環境保護部授予三余鎮2010—2011年度國家級生態鄉鎮稱號。

大有晉墾區格局

大有晉墾區格局位于通州灣示范區三余鎮向陽街（三余鎮糧食管理所內），為南通市文物保護單位。保護范圍：整個院落。建設控制地帶：周邊為建成民宅或農田，不適宜劃定建設控制地帶。

三門閘

三門閘位于通州灣示范區三余鎮恒興至環本遙望港南側三門閘河，為南通市文物保護單位。保護范圍：東西向覆蓋整個橋面。建設控制地帶：周邊為水面或道路，不需要劃定建設控制地帶。